Khi Diệu Viên tạ thế, chùa Ninh Phúc đặt ngai vị thờ bà. Đặc biệt ở chùa Mật (Thanh Hoá), có thờ pho tượng sơn son thếp vàng, tạc chân dung bà đang toạ thiền rất uy nghi thanh thoát.

Năm 1992, pho tượng bà Trịnh Thị Ngọc Trúc đã được chuyển về Bảo tàng mỹ thuật Việt Nam (Hà Nội) đặt trong tủ kính trưng bày vì đây là pho tượng rất đặc sắc về nghệ thuật điêu khắc thời Lê-Trịnh. Pho tượng này được công nhận là bảo vật quốc gia năm 2013.